از جمله مهمترین بخشهایی که در اقتصاد ایران از معافیت مالیاتی بهره میبرند میتوان به سرمایه گذاری به صورت عام، بخش تعاون، بخش کشاورزی، شرکتهای بورسی، مناطق آزاد تجاری-صنعتی، مناطق کمتر توسعه یافته، شهرکهای صنعتی، نفت، مناطق ویژه اقتصادی، امور خیریه، امور فرهنگی، مسکن اجارهای، سود سپردههای بانکی، صادرات، فعالیتهای ورزشی، شرکتهای دانش بنیان و فعالیتهای تولیدی اشاره کرد که برای بسیاری از آنها این معافیت به صورت تعطیلی کامل مالیاتی در نظر گرفته شده است.
مشخص نبودن هزینه-درآمدی این مشوقها و طولانی بودن طول دوره برخورداری از معافیتها از جمله مهمترین معایب دیگر نظام مشوقهای مالیاتی در ایران است.
درواقع، در ایران طبق رویهای که از قدیم مرسوم بوده، اولین قدم به منظور توسعه بخشهای مدنظر (توسعه صادرات، بخش اقتصادی خاص مانند کشاورزی، توسعه منطقهای و غیره) اعطای مشوقهای مالیاتی بدون انجام تحلیلهای مربوط به هزینه-فایده بوده است.