اگر مودی به برگ تشخیص صادره معترض باشد، اعتراض وی به صورت های زیر بررسی می گردد: 1- ابتدا اعتراض به رییس امور مالیاتی (ممیز کل)ارجاع می شود. اگر ممیز کل تشخیص دهد که اعتراض مودی قابل رسیدگی است در پشت برگ تشخیص نظر خود را منعکس می کند و برگ قطعی صادر می شود.

قبول و تمکین مالیات مندرج در برگ تشخیص مالیات و یا پرداخت آن به وسیله مؤدی مالیاتی و یا عدم اعتراض مؤدی به برگ تشخیص مالیات ظرف مدت سی روز از ابلاغ به وی (ماده ۲۳۹ ق.م.م)  رفع اختلاف با مؤدی به وسیله رئیس امور مالیاتی با اختیار قانونی (موضوع ماده ۲۳۸ ق.م.م.) عدم اعتراض